Seit der Gründung des „Fördervereins St. Nikolai zu Stralsund e.V.“ wurde eine Vielzahl von Projekten mit insgesamt 1,85 Mio. Euro gefördert.

Der Verein finanziert in der Regel nur anteilig. Die Kirchengemeinde St. Nikolai bemüht sich um weitere Förderung und übernimmt im Rahmen ihrer Möglichkeiten Anteile der Restaurierungs- bzw. Renovierungskosten.

• Buchholzorgel: Für die Restaurierung der bedeutenden romantischen großen Orgel des Berliner Orgelbaumeisters Carl August Buchholz in St. Nikolai stellte der Förderverein 2006 insgesamt 250.000,- Euro zur Verfügung.
• Portal Südseite (Kantoreneingang innen und außen)
• Hochaltar (Ergänzung des Schnitzwerkes)
• Restaurierung Schlüter-Altar (Abschnitte I-IV)
• Chorkapellenfenster
• Nebenkosten Restaurierung Anna Selbdritt
• Erneuerung der Sitz- und Bankpolster im Krämergestühl
• Nebenkosten Restaurierung Junge-Altar
• Restaurierung Bürgermeister-Altar
• Restaurierung des großen Triumphkreuzes von 1380
• Restaurierung des Schoras-Epitaphs von 1655
• Restaurierung des Westportals mit Wiederherstellung der originalen barocken Fassung
• Sanierung der großen Chorfenster
• Restaurierung der im Gewölbe unterhalb der Schwedenloge befindlichen, um 1340 entstandenen, Wandmalerei mit Kreuzigungsdarstellung
• Neugestaltung des im Krieg verloren gegangenen Reliefs "Gebet im Garten Gethsemane" an der Rückseite des Schlüter-Altars durch die Bildhauerin Doris Waschk-Balz
• Restaurierung des Ahusfahrergestühls
• Restaurierung des Goldschmiedegestühls mit einer Rekonstruktion der gestohlenen Figur des Heiligen Eligius